A UBS Central e a Unidade São José, contam com setor de farmácia para atender as demandas da população. Ambas unidades possuem profissional farmacêutica, além disso, a UBS Central conta também com profissional atendente de farmácia que otimiza o serviço, visto que na referida unidade a rotina de atendimentos é mais intensa.

No setor são realizados atendimentos à população com dispensa de medicação mediante receita médica, registro no sistema das medicações que foram entregues à população, controle e organização de estoque, encaminhamento de processos de medicamentos de alto custo fornecidos pelo estado e dispensação de medicamentos judicializados.

As farmácias também realizam orientações à população quanto à dosagem e preparação das medicações recebidas. É um dos setores mais movimentados na área de saúde, chegando a realizar cerca de 150 atendimentos diários, em média na UBS Central.